2011年8月30日，台大醫院及成大醫院分別提出「HIV陽性器官移植事件檢討報告」。
監察院對這一事故的原因進行調查，在對衛生署和台大醫院諸多制度缺失進行糾正的同時，認為柯文哲應負主要責任。2012年8月14日，事件發生近一年後，柯文哲遭監察院彈劾[14]，並移送司法院公務員懲戒委員會。彈劾案文說，柯文哲身台大醫院器官移植之負責人，卻疏於檢討器官捐贈檢體檢驗結果的判讀機制，又未依據醫療作業常規判讀，且未對小組協調師規劃完整的訓練課程，在無督導考核協調師的學習成效下，就授權專業經驗淺的協調師，去執行重要的移植手術前置作業，導致五個家庭無辜受害。[15]
8月中，部分醫界人士發起連署，對監察院表示不滿。8月14日晚上，柯文哲表示沒看到監察院的彈劾全文，「不想看、不想知道、隨便他們啦！這個系統在台大出事之前已存在很久，已跑過五千多次，所以他們想怎樣？」[16]8月17日，柯文哲痛批監察院以「文化大革命式的公審」在對付人民。[17]
2013年8月18日，公務員懲戒委員會，針對台大醫院愛滋器官移植案，認為柯文哲有督導不周的疏失，決議將柯文哲降兩級改敍，台大醫院仍決定降薪處份（從公務體系的740薪級調降至680）
8月20日，柯文哲妻陳佩琪醫師召開記者會，對此決議不滿，認為公懲會是用出事之後才改的器官勸募流程，來認定柯文哲有疏失，而台大醫院也未對外說明真相[18]。8月21日，陳佩琪表示台大偽造流程，讓柯文哲扛罪。[19]8月22日，柯文哲妻表示不排除控告台大醫院，並說：「沒有真相，沒有原諒」。[20]
10月9日，柯文哲於「愛滋器捐事件之檢討」演講中說「調查過程完全沒有程序正義」、「此案若在50年後回頭看，他還是會覺得很髒」、「其中唯一的光明面，就是有人(他自己)沒有丟下部屬跑掉」。 [21]
在陳水扁執政時期曾任銓敘部部長的朱武獻認為，根據1992年大法官308號解釋[22]，教師與公務員身份不同，柯文哲具有教師和公務員雙重身份，公懲會沒有管轄權，其決定涉及違法，建議柯文哲申請再審[23]。公懲會認為臺大醫院院內行政職務亦適用公懲法。再比如有人[誰？]認為台北市醫師懲戒委員會已經決議對柯文哲不懲處，公懲會不應再懲戒。事實上柯文哲在對公懲會的申辯中提出了這個問題，認為有違一事不二理原則。公懲會指出醫懲會對醫師進行懲戒，公懲會對公務員進行懲戒，二者性質、目的、懲戒方法皆不相同，柯對一事不二理原則有誤解[24]。
柯文哲向公懲會申請再議，2015年1月，柯文哲當選台北市長之後，公懲會認定柯所提證據在原議決中均已詳加斟酌，再議申請無理由而駁回。[25]柯文哲未再提出審議。[26][27][28][29]
後續效應編輯
遭移植器官的五人長期服抗病毒藥，追蹤至2014年8月均無感染跡象，使國內討論愛滋感染者捐贈、受贈器官可能性。衛福部於7月底初步結論是感染者應可器捐給其他感染者，但實際修法與執行還未定案。如果未來相關法規通過，每年受惠雖不到十人，但屬醫療人道一大進步[30]。
柯文哲認為在這一事件中，自己受到政府的追殺，是他決定參選台北市長的主要原因。[31]
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